TUGAS TERSTRUKTUR BIOLOGI MOLEKULER
KODE TUGAS K21-MS-02
Anggota Kelompok
Aditya Christie W (B1J006173)
Kartika Anggi Hapsari (B1J006174)
Elin Danesty (B1J006177)
Menjelaskan Tentang Dasar-Dasar ORF (Open Reading Frame) Scanning Dan Menjelaskan Mengapa Metode Ini Tidak Selalu Berhasil Untuk Genom Eukaryot Tingkat Tinggi
Pengertian ORF
ORF (Open Reading Frame) merupakan salah satu metode yang biasa digunakan untuk mengetahui atau memahami letak suatu gen dalam sekuen genom. ORF berada di kedua untai DNA yang berisi urutan kodon dimana kodon tersebut mengkode asam amino spesifik. ORF dimulai dengan kodon inisiasi yaitu ATG dan berakhir pada kodon terminasi yang biasanya TAA, TAG, atau TGA. Analisa dengan menggunakan metode ini akan menjadi rumit dengan adanya fakta bahwa sekuen DNA memiliki 6 reading frame dimana 3 pada arah 5’-3’ dan 3 lagi pada arah 3’-5’.
Tiga Modifikasi Prosedur Dasar Dari ORF
-
Codon Bias
Merupakan perbedaan frekuensi penggunaan kodon dalam gen. misalnya Leusin dikode oleh TAA, TTG, CTT, CTC, CTA, CTG, tetapi biasanya dikode paling banyak oleh CTG dan jarang dikode oleh TAA atau CTA.
-
Exon-Intron Boundaries
Dapat ditemukan karena memiliki tampilan sekuen yang khas, sekalipun ke khasan dari sekuen ini tidak terlalu berarti untuk membuat lokasinya menjadi lebih mudah untuk ditemukan. Pada sekuen upstream biasanya berupa 5’-AG GTAAGT-3’, tanda panah tersebut menunjukan batasan poin yang tepat, namun hanya ‘GT’ yang muncul setelah tanda panah dan tidak berubah. Pada downstream kurang dapat didefinisikan dengan baik, 5’-PyPyPyPyPyPyNCAG -3’ diman Py adalah basa pirimidin dan N adalah nukleotida yang dapat berupa apapun.
-
Upstream Regulatory Sequences
Dapat digunakan untuk menentukan lokasi atau daerah dimana gennya muncul. Hal ini karena regulatory sequences memiliki tampilan yang sekuen yang khas untuk memainkan perannya sebagai sinyal penanda untuk protein yang mengikat DNA yang terlibat dalam ekspresi gen.
Mengapa Metode Ini tidak Selalu Berhasil Untuk Eukaryot Tingkat Tinggi
Hal ini dapat dikarenakan dalam genom eukaryote tingkat tinggi lebih banyak mengandung intron/intergenic sequences (62%), sehingga meningkatkan kemungkinan untuk mendapatkan ORF yang palsu. Maslah utama dengan genom eukaryote tingkat tinggi dan genom manusia adlah gen-gen nya biasanya dipisahkan oleh intron dan tentu saja tidak Nampak seperti ORF yang runtut dalam sekuen DNA. Banyak exon yang lebih pendek dari 100 kodon, beberapa kurang dari 50 kodon dan melanjutkan pembacaan melewati intron biasanya mengarahkan kepada sekuen terminasi yang akan mengakhiri ORF. Hal ini akan mengakibatkan sekuen genom yang diperoleh tidak sesuai dengan yang kita inginkan.
DAFTAR PUSTAKA
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6619
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6613
SITUS TERKAIT
http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/seq_anal/translation/translation.html
http://www.scfbio-iitd.res.in/tutorial/orf.html
