Aditya Christie W B1J006173
Kartika Anggi H B1J006174
Elyn Danesti B1J006177

kode K21-SPR-05

DEFINISI RIBOZYM DAN CONTOHNYA

Ribozym adalah salah satu bentuk dari enzim katalitik RNAyang terbuat dari dua buah domain dimana setiap domain memiliki dua daerah pasangan basa dengan sambungannya yang berdekatan dengan dua bagian lain dari struktur sekunder. Meskipun struktur RNA ini cukup untuk dilakukan penyambungan, mungkin stabilitas dari ribozym ditingkatkan oleh protein non katalitik yang berikatan dengan beberapa intron dari struktur RNA tersebut.
Contoh ribozym adalah maturase yang berperan dalam proses splicing.
define-the-term

Contoh dari Ribozyme:

1.Self-splicing introns, dimana beberapa introns dari Grup I, II dan III bergabung sendiri oleh proses autocatalytic .
2.Ribonuclease P yaitu enzim yang menciptakan 5 ‘ujung bakteri tRNAs yang terdiri dari Asam ribonukleat subunit dan protein, dengan kegiatan katalis yang berada di Asam ribonukleat
3.Ribosomal RNA yaitu aktifitas Peptidyl transferase yang diperlukan untuk pembentukan ikatan peptida selama sintesis protein terkait dengan 23S rRNA dari subunit besar dari ribosom.
4.tRNA Phe, yang akan mengalami katalisis sendiri dan perpecahan di hadapan divalent ion-ion.
5.Virus genomes yaitu bentuk lain dari Asam ribonukleat genomes dari beberapa katalis virus yang melibatkan diri dari perpecahan rantai yang baru disintesis dan terhubung ke kepala ekor. Contohnya adalah tanaman viroids dan virusoids dan binatang hepatitis delta virus. Virus ini beragam grup dengan self cleaving yaitu kegiatan ditentukan oleh berbagai pasangan yang berbeda seperti dasar struktur, termasuk yang baik dan studi yang menyerupai hammerhead.

Daftar Pustaka
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.chapter.7302
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.table.7384
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.7383

Situs Terkait
http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/R/Ribozymes.html
http://www.biophysj.org/cgi/reprint/87/1/457.pdf
http://www.pnas.org/cgi/reprint/88/16/6921.pdf?ck=nck
http://www.wipo.int/pctdb/en/wo.jsp?IA=US1990005437&DISPLAY=DESC

KODE TUGAS K21-MS-02

Anggota Kelompok

Aditya Christie W (B1J006173)

Kartika Anggi Hapsari (B1J006174)

Elin Danesty (B1J006177)

Menjelaskan Tentang Dasar-Dasar ORF (Open Reading Frame) Scanning Dan Menjelaskan Mengapa Metode Ini Tidak Selalu Berhasil Untuk Genom Eukaryot Tingkat Tinggi

Pengertian ORF

ORF (Open Reading Frame) merupakan salah satu metode yang biasa digunakan untuk mengetahui atau memahami letak suatu gen dalam sekuen genom. ORF berada di kedua untai DNA yang berisi urutan kodon dimana kodon tersebut mengkode asam amino spesifik. ORF dimulai dengan kodon inisiasi yaitu ATG dan berakhir pada kodon terminasi yang biasanya TAA, TAG, atau TGA. Analisa dengan menggunakan metode ini akan menjadi rumit dengan adanya fakta bahwa sekuen DNA memiliki 6 reading frame dimana 3 pada arah 5’-3’ dan 3 lagi pada arah 3’-5’.

Tiga Modifikasi Prosedur Dasar Dari ORF

1. Codon Bias

Merupakan perbedaan frekuensi penggunaan kodon dalam gen. misalnya Leusin dikode oleh TAA, TTG, CTT, CTC, CTA, CTG, tetapi biasanya dikode paling banyak oleh CTG dan jarang dikode oleh TAA atau CTA.

1. Exon-Intron Boundaries

Dapat ditemukan karena memiliki tampilan sekuen yang khas, sekalipun ke khasan dari sekuen ini tidak terlalu berarti untuk membuat lokasinya menjadi lebih mudah untuk ditemukan. Pada sekuen upstream biasanya berupa 5’-AG GTAAGT-3’, tanda panah tersebut menunjukan batasan poin yang tepat, namun hanya ‘GT’ yang muncul setelah tanda panah dan tidak berubah. Pada downstream kurang dapat didefinisikan dengan baik, 5’-PyPyPyPyPyPyNCAG -3’ diman Py adalah basa pirimidin dan N adalah nukleotida yang dapat berupa apapun.

1. Upstream Regulatory Sequences

Dapat digunakan untuk menentukan lokasi atau daerah dimana gennya muncul. Hal ini karena regulatory sequences memiliki tampilan yang sekuen yang khas untuk memainkan perannya sebagai sinyal penanda untuk protein yang mengikat DNA yang terlibat dalam ekspresi gen.

Mengapa Metode Ini tidak Selalu Berhasil Untuk Eukaryot Tingkat Tinggi

Hal ini dapat dikarenakan dalam genom eukaryote tingkat tinggi lebih banyak mengandung intron/intergenic sequences (62%), sehingga meningkatkan kemungkinan untuk mendapatkan ORF yang palsu. Maslah utama dengan genom eukaryote tingkat tinggi dan genom manusia adlah gen-gen nya biasanya dipisahkan oleh intron dan tentu saja tidak Nampak seperti ORF yang runtut dalam sekuen DNA. Banyak exon yang lebih pendek dari 100 kodon, beberapa kurang dari 50 kodon dan melanjutkan pembacaan melewati intron biasanya mengarahkan kepada sekuen terminasi yang akan mengakhiri ORF. Hal ini akan mengakibatkan sekuen genom yang diperoleh tidak sesuai dengan yang kita inginkan.

as1

DAFTAR PUSTAKA

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.6619

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.6613

SITUS TERKAIT

http://bioweb.uwlax.edu/GenWeb/Molecular/seq_anal/translation/translation.html

http://www.scfbio-iitd.res.in/tutorial/orf.html

]]> http://aditfabio06.wordpress.com/2008/10/30/34/feed/ 0 aDitH http://aditfabio06.wordpress.com/2008/10/24/soal-latihan/ http://aditfabio06.wordpress.com/2008/10/24/soal-latihan/#comments Fri, 24 Oct 2008 15:57:56 +0000 A1-6173 aDitH_ http://aditfabio06.wordpress.com/2008/10/24/soal-latihan/ ]]> Uji Nyali Kuis Harian 6 Memahami Sekuen Genom » Quiz School

Nama: Aditya Christie W

NIM: B1J006173

Kelas: A1

Email: aditchristie@gmail.com

Blog: http://aditfabio06.wordpress.com

Topik: A1-AG11

RINGKASAN

DNA Satelit

Urutan berulang-ulang DNA merupakan sebuak gambaran umum dari genom eukaryote tetapi juga ditemukan dalam prokaryot dengan frekuensi yang lebih sedikit. Tipe berulang yang seperti ini dinamakan DNA Satelit karena fragmen-fragmen DNA yang berisi urutan berulang dari kelompok “Satelit” ketika genom DNA terpecah karena kepadatan gradient sentrifugasi. Kelompok satelit berisi fragmen-fragmen DNA yang berulang dan mempunyai kandungan GC.

Gambar DNA Satelit manusia (*)

DNA Satelit ditemukan dalam sentromer dan juga di tempat lain dalam kromosom eukaryot. Sebuah genom dapat berisi beberapa tipe DNA Satelit yabg berbeda-beda, setiap Satelit dengan sebuah perbedaan unit yang berulang-ulang, unit tersebut berkisar antara 5-200 bp. Tiga kelompok Satelit dalam DNA manusia meliputi 4 perbedaan dari tipe berulang. Salah satu tipe DNA Satelit yang ditemukan dalam manusia adalah alphoid DNA yang berulang, terdapat di bagian sentromer dalam kromosom.

Minisatelit dan Mikrosatelit

Minisatelit dan Mikrosatelit merupakan dua tipe lain dari DNA Satelit, walaupun keduanya tidak muncul dalam kelompok-kelompok satelit pada gradient kepadatan. Minisatelit berbentuk seperti ikatan-ikatan yang memiliki panjang hingga 20 kb, dengan unit yang berulang mencapai 25 bp. Ikatan-ikatan mikrosatelit sangat pendek, biasanya kurang dari 150 bp dengan mempunyai unit yang berulang biasanya 13 bp atau dibawahnya. Minisatelit merupakan tipe kedua dari DNA berulang. Telomerik DNA yang ada di dalam manusia meliputi ratusan kopi dari motif 5’-TTAGGG-3’ adalah salah satu contoh dari sebuah Minisatelit.

Lokasi mikrosatelit dalam lengan pendek kromosom 6 telah diperbesar dengan PCR. Hasil dari PCR ditandai dengan warna yang berbeda. Setiap garis menunjukan profil genetik dari individu yang berbeda. Tidak ada dua orang yang memiliki profil genetik yang sama karena setiap orang mempunyai perbedaan mikrosatelit yang bervariasi.

Fungsi dari Mikrosatelit masih misterius. Tipe Mikrosatelit tetap yaitu 1-, 2-, 3-, atau 4- bp unit yang berulang 10-20 kali. sebagai contoh adalah Mikrosatelit yang ada di dalam reseptor sel-T β dalam manusia. Walaupun setiap Mikrosatelit relatif pendek, tetapi ada beberapa mikrosatelit dalam sebuah genom.

Contoh :

Mikrosatelit dengan CA berulang

5’-CACACACACACACAC-3’

3’-GTGTGTGTGTGTGTG-5’

0,25% dalam genom.

Basa tunggal berulang

5’-AAAAAAAAAAAAAA-3’

3’-TTTTTTTTTTTTTTTT-5’

0,15% dalam genom.

Gambaran mikrosatelit

Daftar Pustaka

Brown, T.A (2002) DNA in Genomes, 2nd ed.,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5234

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.section.5545

diakses tanggal 25 September 2008

Situs Terkait

1. http://www.humangenom.hu/uploads/images/Chrom_fig2.jpg

2. http://www.blackwellpublishing.com/korfgenetics/figure.asp?chap=06&fig=Fig6-9

3. http://www.afsc.noaa.gov/ABL/MESA/mesa_sa_pp_ss.htm

4. http://www.people.eku.edu/richters/lab/images/cynthia1.jpg

5. http://www.nature.com/emboj/journal/v17/n14/full/7591114a.html

diakses tanggal 26 September 2008

Rhizosphere dalam tumbuhan adalah habitat bagi komunitas yang berisi banyak organism yang berbeda-beda. Bakteri tanah sering menguasai cirri yang memungkinkan mereka bertindak sebagai musuh dengan penindasan sebagai contoh dengan mengeluakan antijamur baik secara langsung maupun tidak langsung mendukung pertumbuhan tanaman. Banyak macam dari campuran khusus ini seperti zat pembunuh kuman atau antibiotik baik cair maupun padat pada suhu kamar dan sedikit diketahui penguapannya, hal ini dapat menjadi zat pembunuh kuman dan sebab penghambatan pertumbuhan suatu organisme. Dunia mikroba menyatukan dan memancarkan beberapa penguapan komponen. Sebelumnya menunjukan bahwa rhizobacterial itu mengisolasikan Serratia plymuthica, Serratia odorifera, Stenotrophomonas maltophilia, Stenotrophomonas rhizophila, Pseudomonas fluorescens, dan Pseudomonas trivialis memancarkan campuran yang kompleks yang mudah menguap yang menghalangi pertumbuhan Rhizoctonia solani.

Nama : Aditya Christie W

NIM : B1J006173

Blog :aditfabio06.wordpress.com

E-mail : aditchristie@gmail.com

Referensi :

Anja Vespermann, Marco Kai, and Birgit Piechulla^*

Rhizobacterial Volatiles Affect the Growth ofFungi and Arabidopsis thaliana

manusia biasa yang dititipi paras tampan, berhati baek (mudah-mudahan) dan penuh tanggung jawab dari TUHAN…

pernah tercatat sebagai siswa TK, SD, SMP, SMU, dan sekarang sedang menjabat sebagai mahasiswa biologi yang konon critanya sangat sibuk dengan dunia kampusnya sampe-sampe lupa kalo dia itu manusia (gak nyambung..!!!!)..

punya satu senjata pemikat perempuan yang sangat jitu yaitu memiliki bulu mata yang selalu di idam-idamkan oleh para wanita,,,
mereka slalu berkata ‘adit aku suka sama kamu,, karna bulu matamu bagus,,aku minta seh!!’ (arghhhh… menyebalkan)
kenapa mereka gak bilang aja ‘adit aku suka ma kamu ,,karna kamu tamoan’ (enak kan dengernya)…

adith??
jadilah diri sendiri…
lagi suka ma cew tapi gak berani ngomong…
(hohoho,, lagi gak punya mental)

MumPung mAmA lOe mSi aDa,
coba dech saat bEliaU tiduR…
saaT maTanya terPejam…
eLo taTap wajaHnya 5 meNit aJa…
cUma 5 meniT ajA koq… g uSa lAma2…
cobA rasaiN deH klO wajaH beliAu udAh ga da dsiTu…
Rsain lewat Hati elo yg paling dAlem…
Lakuin aPapuN yang bisA kaMu lakuKan unTuknya…
“SEKARANG”!!! bukan 1jam lagi… bukan 1hari lagi… bukan 1bulan lagi…
tapi “SEKARANG”… jangan tunggu klo Beliau uda mo ninggalin kehidupan kita…
penyesalan ga dateng duluan sahabat2ku…

Ada sebuah cerita tentang “BETAPA BESAR KASIH MAMA BUAT KITA” Seorang anak mencari Ibunya dan mendapatkan ibunya sedang sibuk menyediakan makan malam di dapur…
Kemudian dia mengulurkan tangannya dan memberikan sehelai kertas yang sudah ia siapkan sehari sebelumnya…
Sang Ibu segera membersihkan tangan lalu menerima kertas yang diulurkan oleh anaknya dan membacanya…
OngKos bantuin MAMA:
1)Bantu pergi ke warung : Rp 20.000,00
2)Jagain ade : Rp 20.000,00
3)Buang sampah : Rp 5.000,00
4)Beresin tempat tidur : Rp 10.000,00
5)Nyiram bunga : Rp 15.000,00
6)Nyapu halaman : Rp 15.000,00
7)TotaL : Rp 85.000,00

Selesai membaca kertas tersebut… Sang Ibu hanya tersenyum memandang anaknya…
Si Anak pun tersenyum penuh kemenangan…
Lalu Sang Ibu mengambil pena dan menulis sesuatu dibelakang kertas yang sama…
1)OngKos mengandungmu selama 9bulan-GRATIS
2)OngKos menyusuimu anakku-GRATIS
3)OngKos berjaga malam karena menjagamu-GRATIS
4)OngKos air mata yang menetes karenamu-GRATIS
5)OngKos khawatir krn memikirkan keadaanmu-GRATIS
6)OngKos menyediakan makan, minum, pakaian dan keperluanmu-GRATIS
Jumlah Keseluruhan Nilai Kasihku-GRATIS

Air mata Si Anak berlinang setelah membaca… dengan erat dan berbisik sambil terisak di dekat telinga Ibunya, “AKU SAYANG SAMA MAMA…UDAH G ADA LAGI YANG PERLU DIBAYAR OLEH MAMA…UDAH LUNAS SEMUANYA…BUKAN MAMA YANG HUTANG SAMA AKU,
TAPI AKU YANG UTANG SAMA MAMA…”

sebuah kata yang “dulu” membuat diriku tergila-gila pengen jadi ilmuan…

tapi sekarang “kata” itu bikin diriku menjerittt… bagai orang kesurupan yang takut dikejar anjing dah gitu jatuh trus pantatnya digigit anjing… aaarrrgghhh… tidakkkkk…!!!

cape juga ternyata tiap hari praktikum… and yang bikin tambah bingung kenapa di biologi gak ada praktikum reproduksi…??? (hoho,,, berharap neh…)

senang sekali karena anda sudah mau mengunjungi blog saya.. saya harap dengan adanya blog ini saya dan anda bisa menjalin hubungan yang baik…

saya sangat senang jika anda semua mau memberi komentar atau apapun yang bisa membantu saya dalam memperbaiki blog saya,,,

trimakasih,,,

see you,,,